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Plusieurs collections de zoologie sont présentes au Muséum.
Le fonds ornithologique datant en quasi-totalité du XIXe siècle totalise 700 oiseaux provenant surtout des faunes françaises et européennes auxquelles s’ajoutent trois collections d’oologie et une série de nids.
A une petite série d’animaux marins, dont des coraux donnés par Henri de Lacaze-Duthiers, s’ajoutent des fonds de coquillages régionaux (terrestres, d’eau douce et marins) et surtout exotiques, actuellement en réserve.
En matière d’entomologie, les collections de coléoptères proviennent essentiellement de l’Albigeois, de la Montagne Noire et du Massif central. Les lépidoptères sont notamment représentés par une collection de papillons régionaux. L’ensemble compte plus de 13000 insectes tous inventoriés.
Les mammifères sont en grande partie régionaux et quelques reptiles sont également présents.
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